Werke von Erich Heckel befinden sich in fast allen größeren deutschen Museen, die eine Sammlung der Moderne haben. Arbeiten auf Papier (Aquarelle, Zeichnungen, Druckgraphik) ruhen in der Regel in den Mappen der Graphischen Sammlungen, können aber meist nach vorheriger Absprache in den Studiensälen betrachtet werden.

Durch Umfang oder Einzigartigkeit ihres Heckel-Bestandes ragen folgende Häuser hervor:

Berlin, Brücke-Museum: Aufgrund einer Stiftung Karl Schmidt-Rottluffs 1967 eröffnet, haben umfangreiche Schenkungen Heckels sowohl eigener Werke als auch solcher seiner Kollegen zum Aufbau der Sammlung wesentlich beigetragen.

Das Museum besitzt von Heckel etwa 30 Gemälde aus allen Schaffensphasen, sowie einen reichen Bestand an Zeichnungen, Aquarellen und Druckgraphik, sowie drei von den sieben erhaltenen Holzskulpturen.

Zu beachten ist, dass bei Sonderausstellungen die Gemälde und Skulpturen, die zum festen Bestand gehören, nicht oder nur teilweise im Haus gezeigt werden.

Berlin, Nationalgalerie: einige wichtige Gemälde und im Kupferstichkabinett ein bedeutender Bestand an Arbeiten auf Papier, der zum Teil noch aus der Zeit vor 1937 stammt.

Essen, Museum Folkwang: Neben den Gemälden, einer Holzskulptur und einer Reihe von Zeichnungen und Aquarellen besitzt das Museum in seiner Graphischen Sammlung die annähernd komplette Druckgraphik Heckels (1964 vom Künstler erworben).

München, Pinakothek der Modernen Kunst: Besitzt u.a. den heute als das bedeutendste von Heckels Gemälden angesehenen "Gläsernen Tag" von 1913, ein Bild, das nicht mehr an andere Museen ausgeliehen wird.

Karlsruhe, Staatliche Kunsthalle: neben drei Gemälden dank einer Stiftung Heckels ein umfangreiches Konvolut von Arbeiten auf Papier.

Hamburg, Altonaer Museum:  u.a. aufgrund von Schenkungen des Künstlers und – nach dessen Tod – von Siddi Heckel besitzt das Museum neben zwei Gemälden sowie einem erheblichen Bestand an Aquarellen und Graphiken, die einzigartige Sammlung seiner bemalten Postkarten.

Hamburg, Museum für Kunst und Gewerbe: Die erste Skulptur Heckels, die von einer öffentlichen Sammlung erworben wurde, kam 1929 durch Max Sauerlandt in dieses Haus: "Große Stehende", 1912. Sie wurde 1937 beschlagnahmt und ist seitdem verschollen.

Von den wenigen erhaltenen plastischen Arbeiten Heckels befinden sich heute u.a. zwei Holzskulpturen, eine kleine Steinskulptur sowie einige in Silberblech getriebene Schmuckstücke in diesem Museum.

Stuttgart, Staatsgalerie: Nicht zuletzt aufgrund einer Stiftung Siddi Heckels besitzt die Graphische Sammlung ein gewichtiges Konvolut von Arbeiten auf Papier, das in neuerer Zeit durch bedeutende Arbeiten aus der Sammlung Max Fischer (Leihgabe) ergänzt worden ist.

Bernried, Museum Buchheim: beherbergt die älteste und sicher kostbarste private Expressionismus-Sammlung mit dem Schwerpunkt "Brücke"; von Heckel u.a. das sehr bekannte Werk "Schlafender Pechstein", 1910.

Halle, Stiftung Moritzburg: zwei bedeutende Gemälde Heckels aus früher Zeit sowie – als Dauerleihgabe – die einzigartige Sammlung Gerlinger mit Arbeiten der Brücke-Künstler aus allen Gattungen und Schaffensphasen.

Das Museum besaß in den 20er und frühen 30er Jahren (bis zur Beschlagnahme-Aktion "Entartete Kunst") eine der bedeutendsten Bestände expressionistischer Kunst.

Schleswig, Stiftung Schleswig-Holsteinische Landesmuseen Schloss Gottorf: Gemälde aus der mittleren und späten Zeit, die sich Heckels Aufenthalten an den norddeutschen Küsten verdanken, sowie ein umfangreicher Bestand an Arbeiten auf Papier, zum Teil als Leihgaben aus dem Nachlass des Künstlers.

Erfurt, Angermuseum: Im sog. Heckel-Raum befindet sich der Wandbildzyklus (Secco-Malerei) mit dem allgemein üblich gewordenen Titel "Lebensstufen", entstanden 1922-1923 – die einzige Wandmalerei aus dem Kreis der "Brücke"-Künstler, die sich erhalten hat.

 

Im Ausland:

Dank der während der Nazizeit in die USA emigrierten Sammler sind es vor allem amerikanische Museen, die deutsche Kunst der Klassischen Moderne außerhalb Deutschlands beherbergen; u.a. die folgenden:

New York, Museum of Modern Art: besitzt eine nennenswerte Sammlung von Heckel-Graphik.

New York, Neue Galerie: Das in jüngerer Zeit gegründete Privatmuseum, das sich der deutschen und österreichischen Kunst des frühen 20. Jahrhunderts widmet, besitzt u.a. einige zentrale Bilder der "Brücke"-Maler.

Cambridge, Mass., Busch-Reisinger-Museum / Harvard University Art Museum: ein Zentrum für deutsche Kunst, besitzt von Heckel u.a. das berühmte Triptychon "Genesende" von 1913.

Los Angeles, County Museum of Art: Beherbergt mit der Sammlung Rifkind eine der umfangreichsten Sammlungen von Graphik des deutschen Expressionismus, darunter von Heckel eine von nur zwei komplett erhaltenen Folgen seiner Holzschnitte zur Zuchthausballade von Oscar Wilde aus dem Jahr 1907. (Die andere befindet sich im Museum Folkwang, Essen). Außerdem ein Gemälde Heckels von 1909.

Madrid, Museum Thyssen-Bornemisza: von Heckel u.a. zwei der am häufigsten ausgestellten und abgebildeten Gemälde aus den Jahren 1907 "Ziegelei" und 1908 "Haus in Dangast"

Die Kunstmusen in Jerusalem und Tel Aviv besitzen jeweils drei Gemälde von Heckel, weitere befinden sich auch in Museen in: Amsterdam, Cardiff, Gent, Hiroshima sowie in der Schweiz (Aarau, Winterthur, Bern).